بررسی تنوع ژنتیکی مهم ترین ارقام نیشکر در ایران با استفاده از نشانگر مولکولی RAPD

نوع مقاله: علمی - پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجو سابق کارشناسی ارشد اصلاح نباتات دانشگاه شهرکرد

2 دانشیار گروه اصلاح نباتات دانشگاه شهرکرد

3 استاد گروه زراعت دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین

چکیده

این مطالعه به منظور بررسی تنوع ژنتیکی و میزان خویشاوندی 35 رقم نیشکر با استفاده از 65 آغازگر RAPD برای تعیین سطح تنوع ژنتیکی و خویشاوندی در برخی از واریته‌های تجاری S. officinarum  و همچنین دو رقم وحشی S. spontaneum  در ایران استفاده شد. DNA ژنومی هر رقم از برگ‌های‌ جوان تازه روئیده بر اساس روش تغییر یافته CTAB استخراج شد و در حجم مناسبی از بافر  TEحل گردید و غلظت آن توسط دستگاه بیوفتومتر اندازه‌گیری شد. تجزیه و تحلیل نشانگر  RAPDبه کمک آغازگرهای 10 نوکلئوتیدی انتخابی انجام گردید. تمام ژنوتیپ ها برای حضور نوار و عدم حضور آن نمره گذاری شدند و به کمک نرم افزار NTSYS 2002 مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. از 65 آغازگر مورد استفاده، 30 آغازگر در بین ارقام چند شکلی نشان دادند و 464 نوار چند شکل تولید شد. تجزیه کلاستر بر اساس ضریب تشابه جاکارد و روش UPGMA واریته‌ها را در 2 گروه مجزا قرارداد. در این تقسیم‌بندی دو رقم وحشی ازگونه S. spontaneum از بقیه واریته‌ها کاملاً جدا شدند و الگوی نواربندی کاملاً متفاوتی در مقایسه با سایر واریته‌ها نشان دادند. به طور کلی نتایج این تحقیق نشان می‌دهد که نشانگر RAPD ابزار مناسبی جهت بررسی تنوع ژنتیکی در نیشکر است و توصیه می‌شود به منظور افزایش کارایی برنامه‌های اصلاحی جهت بررسی دقیق تنوع ژنتیکی و تعیین روابط خویشاوندی، مورد استفاده قرار بگیرد.
 

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

A Study of Genetic Diversity in Iran of Most Important Sugarcane Varieties Based on RAPD Molecular Marker

نویسندگان [English]

  • M B 1
  • B SH 2
  • SH M 2
  • S S 3
چکیده [English]

This study was accomplished to study genetic variation of 35 cultivars sugarcanes using RAPD marker. The aim was to determine the genetic variation level and relation in some commercial varieties of S.officinarum and the two wild varieties of S.spontneum as well. Total genomic DNA of each cultivar was extracted from 1.5-2.5gr new germinated fresh young leaves and solved in the suitable amount of TE buffer. The concentration was determined by spectrophotometer. RAPD analysis was performed by use of 10bp randomized nucleotide primers. All genotypes were marked for presence or absence of band, and analyzed by use of statistical software NTSYS 2002. Among 65 applicated primers, 30 primers showed polymorphism between cultivars, and 464 polymorphic bands were produced. Cluster analysis lays varieties into the 2 separated groups through the Jacard coefficient and UPGMA methods. In this classification, 2 wild varieties from the S.spontanenm were separated completely and showed quite different band pattern in comparison with other varieties. On the whole, the results of this research showed that RAPD marker is a suitable tool to study genetic variation in sugarcane. It is recommended to increase the efficiency of breeding programs to study precise genetic variation and to determine the relationship among cultivars.
 
 

کلیدواژه‌ها [English]

  • Sugarcane
  • RAPD Molecular marker
  • Genetic variation