مقایسه روش‌های مختلف استخراج RNA ژنومی از گیاه دارویی بومادران (Achillea millefolium)

نوع مقاله: علمی - پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد زراعت و اصلاح نباتات، دانشگاه شهید چمران اهواز

2 استادیار، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید چمران اهواز

چکیده

در مطالعات مولکولی، استخراج RNA یک مرحله بسیار مهم به ‌شمار می‌رود و نتایج کارهای بعدی مانند Real-TIME PCR و RACE PCR به کیفیت و کمیت RNA استخراج شده بستگی دارد. تعدادی روش استاندارداستخراج RNA کل از بافت گیاه که برای گیاهان عادی مؤثر هستند، در دسترس می‌باشد، اما استخراج RNA کل در گیاهان با سطوح بالای کربوهیدرات و متابولیت‌های ثانویه مانند ترکیبات فنولی مشکل می‌باشد. بومادران از گیاهان دارویی و صنعتی ارزشمند در مراتع ایران است که حاوی سطوح بالایی ار متابولیت‌های ثانویه می‌باشد ولی تاکنون روش مناسبی جهت استخراج RNA کل از آن معرفی نگردیده است. این پژوهش با هدف شناسایی بهترین روش از بین سه روش استخراج RNA کل شامل استخراج با بافر (-Plus)RNXTM، ‌لیتیم‌کلراید و فنل-کلروفورم از بافت‌های گل و برگ بومادران انجام گردید. نتایج نشان داد که از بین سه روش، RNA استخراج شده با روش فنل-کلروفورم دارای کمیت و کیفیت بالایی (با طول موج 280/260) در محدوده قابل قبول 2-8/1 می‌باشد. این موضوع به دلیل حذف پلی‌ساکاریدها و متابولیت‌های ثانویه به‌ویژه پلی‌فنل‌ها از محتویات سلولی بافت گیاه موجب استخراج بهتر RNA می‌گردد. به ‌همین دلیل این روش جهت استخراج RNA از این گیاه ارزشمند در مطالعات بعدی پیشنهاد می‌گردد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Comparison of Different Genomic RNA Extraction Methods From the Medicinal Plant Yarrow (Achillea millefolium L.)

نویسندگان [English]

  • Maryam Javdan Asl 1
  • Hamid Rajabi Memari 2
  • Daryoosh Nabati Ahmadi 2
  • Afrasiyab Rahnama 2
چکیده [English]

Background and Objectives
RNA extraction is considered a crucial step in the molecular studies and the results of subsequent work such as, PCR, Real-TIME PCR and RACE PCR depend on the quality and quantity of the extracted RNA. Some standard methods are available in total RNA extraction of plant tissue, which are effective for the ordinary plants. But it is difficult to extract the total RNA from the plants with high levels of carbohydrates and secondary metabolites such as phenolic compounds. Yarrow is one of the valuable medicinal and industrial species of the pasture of Iran that contains high levels of secondary metabolites. So far, there is no report on a suitable method for extraction of total RNA from it.
Material and Methods
Total RNA extraction was done through three methods including RNXTM(-Plus), Lithium Chloride and Phenol-Chloroform. Then the quality and quantity of extraction RNA was evaluated.
Results
The results showed that among the three methods, extracted RNA with phenol-chloroform had high quantity and quality as the A 260/280 ratio was well within the accepted range of 1.8-2.
Discussion
Using phenol-chloroform method tends to remove polyphenols and polysaccharides from plant tissue cell contents and causes more efficient RNA extraction. Given of this, the phenol-chloroform method is recommended for total RNA extraction of valuable plant Yarrow in future studies.
 

کلیدواژه‌ها [English]

  • Yarrow؛ RNA extraction؛ Phenol-Chloroform؛ Lithium Chloride؛ RNXTM
  • (-Plus) buffer